По уставу учреждение делилось на благородное и солдатское отделения. В первое принимали 200 мальчиков и 50 девочек из неимущих дворянских и офицерских семей, предпочтительно сирот. Во второе — 800 мальчиков и 50 девочек, детей солдат.
В начале XIX века мужское солдатское отделение закрыли, направив воспитанников в армейские полки. Девичья часть была выделена в отдельное Девичье училище Военно-сиротского Дома. В 1863 году Императорский сиротский дом вовсе прекратил свою деятельность.
